Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών ιδρύθηκε το 1984 ως τμήμα της Σχολής Καλών Τεχνών του ΑΠΘ με το Π.Δ. 169/1984, και άρχισε την λειτουργία του από το επόμενο ακαδημαϊκό έτος 1985/86. Είναι το πρώτο πανεπιστημιακό τμήμα μουσικών σπουδών που λειτούργησε στην Ελλάδα και γενικότερα είναι το πρώτο ίδρυμα διαβαθμισμένων και δη τριτοβάθμιων μουσικών σπουδών στην ιστορία της νεότερης Ελλάδας.

Κατά την διάρκεια της λειτουργίας του το Τμήμα Μουσικών Σπουδών έχει ανακηρύξει τρεις επίτιμους διδάκτορες: τους συνθέτες Μίκη Θεοδωράκη και †Ιάνη Ξενάκη και τον μουσικολόγο, ομότιμο καθηγητή του Πανεπιστημίου του Αμβούργου, Κωνσταντίνο Φλώρο.

Από το 2002 το Τμήμα Μουσικών Σπουδών στεγάζεται στο νέο του κτήριο στην Πανεπιστημιούπολη Θέρμης.